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北魏太武帝在位时期，为了巩固其统治，尊崇儒家学说，对宗教采取既利用又控制的政策，他在初期同时信奉佛、道二教。
太武帝始光初年（424 年），寇谦之把道书献上朝廷，朝野信奉者很少。崔浩即上书劝谏，太武帝亲近他，即信奉道教，敬奉寇谦之为“天师”，将其弟子四十人接入平城，在平城建天使道坛，常祭祀礼拜。寇谦之常参与机要。公元 431 年，建静轮宫，新天师道在中央和地方都设有道坛。公元 438 年，在崔浩、寇谦之的劝诱之下，太武帝下诏禁止五十岁以下的人出家为僧，一律还俗以充兵役。公元 440 年，改年号为太平真君，道教在朝中地位得到了稳固。
当时，佛、道之争中，道教贬佛教为“夷狄之教”。太武帝信奉道教后，认为佛教“假西戎虚诞，妄生妖孽”开始排斥，把道教作为华夏“真”教予以崇奉发扬。太平真君二年（441 年），他废除民间神庙，以信佛为迷信，担任太子晃老师的高僧玄高和慧崇被处死。太平真君五年（444 年），禁止官民私养沙门。
太平真君 7 年（446 年），卢水盖吴在杏城（今陕西黄陵西南）起义，有众十余万。太武帝带兵讨伐，进长安，发现有沙门在寺内私藏兵器，还在洞中藏匿妇女、财物。太武帝怀疑沙门与盖吴联手，又被沙门秽行激怒，于是采纳崔浩灭绝佛教的进言，下令废佛诏书，令毁寺院、诛沙门、焚烧佛像经卷。由于太子晃故意延迟发布诏书，远近沙门多闻风逃匿，佛像经卷也多被秘藏起来，只境内寺塔破毁无遗。太武帝灭佛的决心很大，认为佛教“至使王法废而不行，盖大奸之魁也。有非常之人，然后能行非常之事。非朕孰能去此历代之伪物！”
高僧传《昙始传》中描述太武帝灭佛的情景：“分遣军民，烧掠寺舍，统内僧尼，悉令罢道。其有窜逃者，皆遣人追捕，处以枭斩。一境之内，无复沙门。”太武帝灭佛达到斩尽杀绝的程度，连寇谦之也觉过于残忍。他甚至对崔浩说：“卿今促年受戮，灭门户矣。”两年之后，寇谦之死。四年后，崔浩因犯忌触怒太武帝，受五刑而死，亲族及僚属共一百二十余人被诛。六年之后，太武帝被太监等虐杀。
公元 452 年，高宗文成帝继位，发布复佛诏书。崔浩的惨死和太武帝的被虐杀，使僧俗两众对佛教的因果报应更是深信不疑，全社会掀起了一个狂热的复兴佛教运动。
另一次废佛发生于北周武帝在位时期。建德元年（572 年），武帝诛杀权臣宇文护后，亲理朝政。周武帝励精图治，整军练武。为了实现他讨伐北齐，统一北方的雄心，必须要富国强兵，于是他采取“求兵于僧众之间，取地于塔庙之下”的政策，强迫僧众和被寺院控制的民户（僧袛户和佛图户）作为编籍的均口户，缴纳租调和担负徭役、兵役。在思想文化方面，周武帝亲政前，曾多次召集臣僚、沙门、道士讨论儒、释、道三教问题，研究何者对维护封建统治和富国强兵最为有利，僧人卫元崇的奏仪对周武帝决心废佛产生了重大影响。
卫元崇，益州成都人，他在幼年时即出家，是名僧释之名的弟子，精于阴阳历算。因为世人重传闻而轻眼见，按其师指点，他以“佯狂”来博取名声，云游各地、编谶诗歌谣、预言未来。他穿俗服从蜀到长安，交结北周权贵。天和二年（567 年），他向周武帝上书“省寺减僧”。据载，卫元崇在奏文中并未否定佛教，而是认为当时的佛教界盛建佛像、寺舍，耗费民众的财力，违背了“大慈为本”的佛教精神。他的奏文有以下三点内容：
一、役使民众广造寺舍，膜拜泥木佛像，不合佛教的基本精神，应当禁止；
二、希望通过国家政策，用经济上的奖惩措施，改变佛教界的贪婪腐败之风；
三、彻底改革佛教，寓佛教于国法世俗之中。
其实，卫元崇的本意是按照他自己对大乘佛教的理解，对佛教界当时产生的流弊进行改革，以便有利于佛法的发展，更好地造福于大众。
建德二年（573 年），武帝宣布儒、释、道三教中以儒为首。建德三年（574 年），武帝又集群臣，命道士张宾与沙门辩论。沙门智炫辩败张宾，武帝自升高座斥佛法“不净”，智炫说道法更为“不净”。武帝遂下令，并废佛、道二教。沙门、道士还俗，财物散给大臣，寺观塔庙分与王公。当时僧、道还俗的有两百余万人。又立通道观，选佛、道二教名人一百二十人，担任通道观学士，命通阐三教经义。
建德六年（577 年），武帝攻占北齐。他更认为废佛有利于富国强兵，因为大量僧人还俗，编为均田户，不仅调整了人民的赋役负担，而且增加了兵员，致使他能一举攻克北齐，故在夺取齐地后立即推行灭佛政策。他亲临北齐邺宫，召集僧众宣布废佛，“毁破前代关山西东数百年来官私所造一切佛塔”。一时，八州寺庙出四十千（四万）尽赐王公，充为地宅。三方释子减三百万，皆复军民，还归编户。齐境内佛教也被废除。周武帝废佛，涉及范围包括北方大部及现在的四川、湖北一部分地区。这次灭佛和北魏太武帝灭佛有所不同：
一、佛、道二教并废，其实周武帝开始想保存道教，但佛道二教争论激烈，有碍朝廷公正，故将二教并废；二、虽毁坏寺塔、焚烧经典，但未杀沙门，而是强迫他们还俗为民；三、开始废佛时设通道观，提倡会通三教，但强调儒教为正统。
第二年，武帝死，宣帝继位。还俗僧任道林等力请恢复佛教，得到许可。至静帝时（579-581 年），左丞相杨坚辅政，命全国恢复佛、道二教，重立佛像及天尊像，又给智藏、灵干等落发，并度僧二百余人，至此佛教得以正式恢复。
北朝两次灭佛，都与政治、经济因素相关，每一次灭佛对佛教的发展都有负面的影响。但这种用强制手段毁灭压制佛教的做法，不可避免地招致广大信徒的不满，反而引发信教者更为强烈的宗教感情。所以灭佛后，佛教却以更大规模得以发展，说明当时的社会需要佛教的客观事实。