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西晋末年，中原战乱不断，官僚贵族纷纷南逃，东晋政权是在过江的北方士族和南方士族联合支持下建立的。东晋第一个开国皇帝司马睿即位后，对东晋士族给予极高的政治待遇，他们权倾朝野，位重一时。东晋的几朝皇帝都同时信奉佛、道两家，士大夫们崇尚玄学、清谈，名士与名僧相往来，他们的兴趣和品味直接影响整个社会的思想和文化风气。佛教在这种氛围中传播和发展。
在道教重新兴起的同时，佛教在东晋也得到更加迅猛与广泛的传播，据载东晋有寺一千七百六十八所，僧尼二万四千人。
玄学清谈与佛教般若学交融的思潮在东晋帝王和士大夫的推崇下，风靡朝野，形成独具特色的“江南贵族佛教”。
东晋元帝、明帝“游心玄虚，托情道味”，礼敬竺道潜等高僧。明帝善画佛像。成帝时，中书监庾冰辅政，他提出沙门应向王者行礼致敬，而尚书令何充等认为沙门不应向王者致礼，朝中由此形成两派：何充等人笃信佛教，主张尊重佛教律仪，沙门不向王者屈膝跪拜；庾冰等人坚持儒家名教的立场，认为忠君孝亲，是中国儒家伦理道德的核心，佛教沙门不按世俗之礼仪礼敬君亲，不利于维护君臣父子的纲常名教，也不利于封建统治。这是第一次“沙门拜俗”之争，虽然庾冰的主张未被采纳，然而沙门是否应礼敬王者的问题并未解决，在东晋末年桓玄专权时又被提了出来。
东晋哀帝好佛法，请竺道潜入宫讲《大品般若经》。同时，他喜好道教养生辟谷服丹药之术，因服食长生药中毒，故由太后理政。简文帝以“尤善玄言”、“履尚清虚，志道无倦”著称。他尊崇佛教，曾亲临瓦官寺听竺法汰讲《放光般若经》。孝武帝立精舍于殿内，引诸沙门以居之。佛教僧尼出入宫廷，干预政事。东晋最后一个皇帝恭帝“深信浮屠道，铸货千万，造丈六金像，亲于瓦官寺迎之，步从十许里”。
东晋的大臣中，信奉佛教的有王导、庾亮、周嵩、谢琨等，都与名僧密切交往。成康二帝时，辅君重臣何充喜好佛教，热衷建佛寺、供养僧尼，却吝于救济处于困境的亲友，受到世人讥讽。穆帝时，任中军将军、假节、都督五州军事，又为名士的殷浩精研般若经典，对经典不理解处夹签向僧人请教。据载，他谈《小品般若经》时，“下二百签皆是精微，世之幽滞”。他曾派人迎请名僧支遁，因名士王羲之劝阻支遁未赴邀，殷浩一直引为憾事。其他如谢安、许洵、王恭、孙绰、郗超等人，对佛教，尤其是般若经典颇有研究。
孙绰著《喻道论》，以问答形式对佛和佛道、周孔之教与佛教的关系、出家为僧是否违背孝道等问题进行了论证。郗超作《奉法要》，意为信奉佛法的要点，文中对在家佛教信徒应当奉持的佛教道德信条、戒规、斋法以及作为佛教基本教义的善恶报应，修行解脱等都作了简要阐述和说明。这两本书在当时在家佛教信徒中较有影响，孙绰与郗超是当时名士信解佛教的代表人物。
戴逵和顾恺之是东晋著名的佛像画家。戴逵善铸佛像及雕刻，曾造丈六无量寿佛木像及菩萨像。顾恺之被传说是“才绝、画绝、痴绝”。他曾在瓦官寺一面墙上画佛教人物维摩诘像时，把殿门紧闭，一个人出出进进，画了一百多天。画完将点眼睛，他对寺僧说：“第一天来看画像之人要给寺院布施十万，第二天要五万，第三天即可随意布施。”点睛之后打开殿门接待四方信众，很快寺院得到了上百万布施款，可见其画佛像的功力。
两晋之际，不少名僧为避战乱南下，在江左一带传播佛教，逐步形成京城建康（今南京）和庐山两个佛教中心。这些僧人大多与东晋统治者关系密切，同士大夫交往频繁。其中著名的有帛尸梨蜜多罗、康僧渊、康法畅、竺道潜、支遁、竺法义、于法兰、于法开、于道邃和慧远。帛尸梨蜜多罗，在西晋永嘉年间来到洛阳，避战乱过江后，住于三国时吴国康僧会所建之建初寺。
帛尸梨蜜多罗不学晋语，与汉人交往，皆通过翻译，却神领意得，顿尽言前。他善于咒术，翻译了《大孔雀王神咒经》、《孔雀王杂神咒》和《大灌顶神咒经》等经典，最早把密教传到建康。他还擅长梵呗，将“高声梵呗”授于弟子觅厉，流传后世。帛尸梨蜜多罗于东晋咸康年间圆寂，年八十余。他生前曾在石子冈修头陀行，圆寂后在此建寺，名“高座寺”。王导之孙王珉为他作序，将他比作汉代名僧金日禅而尤有过之，他在当时士人心目中的位置可见一斑。
帛尸梨蜜多罗像
竺道潜，又名竺潜或竺法深，为东晋初期军事首脑王敦之弟。他十八岁出家，二十四岁讲解《法华经》及《大品般若经》，听众常达五百余人。西晋末他避乱过江，在建康得到元帝、明帝及朝野的尊敬，可以穿鞋入宫，被誉为“方外之士”。公元 340 年，第一次“沙门拜俗”之争后，竺道潜隐居会稽山达三十余年之久，他精研般若经典，是东晋时期佛教般若学“六家七宗”中“本无异宗”创始人之一。其间，他应哀帝之请，到建康讲《放光般若经》。接受会稽王司马昱（即后来简文帝）的皈依，与名士刘惔（tán）交往。名僧支遁也尊他为“上座”。道潜于孝武帝宁康二年卒，年八十九岁。道潜是东晋时期有影响的僧人，他与支遁对江南贵族佛教的兴盛作出了极大的贡献。
支遁，于西晋愍帝建兴元年（公元 313 年）生于佛教世家，二十五岁出家，精通大乘般若学，对《道行般若经》和《慧印三昧经》尤有钻研。他讲解佛经善于抓住般若学的基本思想而不拘泥于字句。支遁与当时名流许洵往返辩难，探求佛经精义。他晚年在建业（今南京）开讲《道行般若经》，使白黑钦服，朝野悦服。他是般若学“六家七宗”之“即色宗”的主张者，在鸠摩罗什及僧肇前，是对“空”的理解最接近于般若学正宗的。
支遁是名僧与名士的代表，喜鹤养马、善草隶、好诗歌，与当时名流王恰、刘恢、殷浩、孙绰、郗超、谢长遐、袁彦伯等人交往密切，被引为知音。他在生活情趣上具名士风范，对当时流行的庄学也颇有心得。支遁在《庄子逍遥游注》中所表现出来的思想，被认为与当时执思想界牛耳的郭象、向秀《庄子注》不同，称为“支理”。他对禅观和戒律也很注重，支遁在《阿弥陀佛像赞并序》中表达了对西方净土的向往。他既好老庄，又精佛典，是当时般若学一派的代表人物，也是庄学的权威。支遁利用自己的影响，在社会上层弘扬佛教，为江南贵族佛教的发展起了重要作用。他圆寂于东晋废帝太和元年（366 年），享年五十三岁。
东晋后期，南方佛教界最有影响力的人物是庐山东林寺的慧远。他的庐山僧团与北方鸠摩罗什的僧团遥相呼应，是继道安之后中国佛教界的又一位领袖人物。
慧远，雁门楼烦（今山西宁武县附近）人，出身于士族家庭，十三岁随舅游学许昌、洛阳，学习儒家经典，亦对当时流行的老庄颇有造诣。东晋永和十年，慧远二十一岁，听说道安在太行恒山（今河北阜平北）立寺传教，便与弟慧持前往。他们对道安十分敬佩，后听道安讲《般若经》，从中受到启悟，慧远感叹说：“儒道九流，皆糠秕耳”。之后，他便与弟慧持在道安门下出家为僧。
慧远追随道安二十五年，在道安门下，慧远精进敏捷，在佛教理论研究上达到了极高的水平，道安常赞叹：“使道流东国，其在远乎！”道安在佛教思想方面属于般若学“六家七宗”之“本无宗”，慧远跟随道安，也主张“本无异”。他二十四岁开讲《般若经》，当时听众对般若“实相”很难理解，慧远就援引流行的《庄子》作类比来解释，听众豁然。从此道安特别允许慧远可以引佛典以外的书籍来说明佛教义理，表现了道安对慧远的嘉许。随道安南下襄阳以后，慧远与主张“心无义”的道恒有过辩论，词锋犀利机智地驳倒了“心无义”。
公元 377 年，前秦苻丕攻陷襄阳，道安被迫往长安，遂吩咐弟子往各地传教。慧远与道安告别，同慧持及弟子数十人南下，先至荆州上明寺，后欲往广东罗浮山，到庐山准备约同学慧永一同前往。但到庐山后，慧永却邀慧远同住新建的西林寺。慧远见庐山清净，便决定在庐山住下来，在西林寺旁建龙泉精舍，居住修行。太元九年，因慧远名声远播，江州刺史桓伊为慧远在庐山建东林寺。慧远从此住此寺传教、修行和著述，使庐山形成了一个以慧远为领袖的僧团，成为当时南方佛教的中心。
慧远在庐山的活动以及对佛教所作的贡献主要有：
一、对东晋上层社会的影响
江州地方官桓伊慕慧远名，为慧远建东林寺，是庐山僧团的直接保护人。他死后，王凝之（王羲之之子）任江州刺史，虽信天师道，但也与慧远交往甚密，曾赞助僧伽提婆在庐山为慧远译《阿毗昙心论》。此后历任刺史，都与慧远交往尤深。义熙五年（409 年），何无忌任镇南将军，曾亲临庐山访问慧远。
当时，何无忌对沙门穿袈裟偏袒右肩提出疑问，因按中国传统的礼制，表示吉庆以左为上，表示凶丧以右边为上，偏袒右肩不吉。慧远认为佛教与周礼名教虽“潜相影响”，“终期则同”，但毕竟有内外之别，沙门超出“方内”，遁世遗荣，返俗而动，故不应受到名教常礼所拘。
元兴元年（402 年），太尉桓玄下令淘汰僧尼，理由是僧尼太多，且奢侈腐化、不守戒律，还有一些农民为了逃避徭役，或犯有罪行逃入寺院出家躲避，这些都不利于社会安定。但除三种人可免于还俗：一、能申述经浩、畅说义理的学僧；二、禁行修整、奉戒无亏的修禅僧；三、山居养志、不营流俗的隐士。桓玄命各地官府置户籍登记僧尼，严加管理，但特别关照：“唯庐山道德所居，不在搜检之列。”
慧远对桓玄此举表示赞叹：“道世交兴，三宝复隆于兹矣。”他还对清理僧尼提出了具体建议，建议三种人应予保护：一、“禅思入微”，指如法修持禅定者；二、讽味遗典，指读经学法者；三、兴建福业，指修建寺塔、造像、祭舍利者。慧远认为“皆以律行为本”，还希望允许士族子弟自由出家。桓玄采纳了其建议。同年四月，大权独揽的桓玄又提出沙门礼敬王者的问题，为此事，桓玄致书慧远，请他发表意见。慧远写了《答桓太尉书》，他的意见是沙门不应礼敬王者。
元兴二年（403 年）十二月，桓玄篡位称帝，为了争取佛教信徒的支持，特诏允许沙门不敬王者。
慧远曾接待农民起义领袖卢循。有僧问：“循为国寇，与之交厚，得不疑乎？”慧远答：“我佛法中，情无取舍，岂不为识者所察。”刘裕在义熙六年（410 年）年底追讨卢循，左右对他说慧远与卢循有往来，似交谊深厚。刘裕说“远生世表之人，必无彼此。”并派人送粮米去寺院。慧远也与北方少数民族政权统治者有往来。后秦姚兴对慧远十分钦佩，鸠摩罗什《大智度论》刚译出，姚兴即赠慧远一部，并请作序。他据此作《大智论抄》二十卷，并为之著序。
“负才傲俗，少有推崇”的著名文学家谢灵运一见慧远，“肃然心服”。慧远圆寂后他为之撰碑文。
慧远不分华夷南北，朝野顺逆，情无取舍，皆与之交往。他对东晋各阶层统治者所持的态度和立场，表明了佛教信佛既认同于儒家的道德观念，服从于以儒家思想为基础的封建国家礼制，又保持佛教自身的特点，发挥儒家思想不足甚至没有的独特作用。这种思想不仅为佛教界接受，也得到统治者认同。后来的佛儒关系基本以此定位。
二、与北方高僧等的往来交流
慧远与北方佛教领袖鸠摩罗什交往密切，常书信往来，讨论佛学。鸠摩罗什到长安不久，慧远派弟子昙邕（yōng）投书鸠摩罗什致意，赠以袈裟和漉水囊（法物之一）。鸠摩罗什即致答书并赠偈一章，又回赠以输石双口澡罐。此后，有僧说，鸠摩罗什要回故乡，慧远即致书，表示遗憾，并提出十几条佛学问题，希望与罗什探讨。又作偈一章，其中有“时无悟宗匠，谁将握玄契？来问尚悠悠，相与期暮岁”表示挽留。后人把罗什与慧远之间关于佛学问答十八章辑为《问大乘中深义十八科并罗什答》或作《大乘大义章》。
罽宾僧弗若多罗在后秦弘始六年（404 年）诵出《十诵律》，与鸠摩罗什译为汉文，但译到三分之二时去世。西域昙摩流支在弘始七年入关，慧远听说他善律学，携此律本，即写信给他，恳请他把《十诵律》译完，此后，昙摩流支即与罗什合作译完此律。
罽宾僧伽提婆在前秦建元十九年（383 年）到长安，曾参加道安主持的译场，译出《阿毗昙八建度论》等，于后秦初过江。东晋太元十六年，他被慧远请到庐山，译出《阿毗昙心论》四卷、《三度法论》二卷。慧远认为这些书不仅为初学入门书，对旧学者也极有用处。
佛陀跋陀罗是与罗什同时代的另一位佛经翻译家，慧远在庐山请他译出《达摩多罗禅经》二卷，其中主要介绍罽宾高僧达磨多罗和佛大先的禅法，以佛大先的禅法为主。由于慧远的介绍和倡导，佛大先、佛陀跋陀罗系的禅法流行江东，对后世也有较大影响。
慧远还派弟子法净、法领等到西域寻经，带回梵本得以传译。在这期间，慧远同意他的弟子慧观以及与他有过交往的竺道生从庐山北上，到鸠摩罗什门下受学。
三、净土信仰和修行
慧远倡导净土信仰。东晋安帝元兴六年（402 年），他及其弟子一百二十三人在无量寿佛像前立誓往生西方佛国极乐世界。慧远发愿往生净土，奉行念佛三昧，其修行方法属观念念佛。后世净土信仰的修行方法大体可分为两类：一是观念念佛，也称观相念佛，即定中念佛，在修持禅定的过程中观想阿弥陀佛的形象和所谓西方净土的景色等等；二是口称念佛，即口称阿弥陀佛的名号，或诵念“南无阿弥陀佛”。慧远推崇的主要是前者，以慧远为首的庐山东林寺僧人及受慧远影响的在家信士大都修念佛三昧。慧远使“净土”法门在南方流行起了重要作用。后来净土宗推慧远为初祖。
四、著作及其弟子：
慧远修学是从儒家出发，中经道家，最后皈依佛教。他认为以佛教为核心是可以吸收百家学说的。慧远的著作，据载所著论、序、铭、赞、诗、书、集为十卷，五十余篇。
慧远庐山僧团徒众甚多，著名的弟子有道生、僧叡、慧严、慧观等人，当时人称“生叡发天真，严观洼流得”。由于这四人曾到长安就教于鸠摩罗什，因此也在“关内四圣”、“八哲”之中。其中僧叡精于般若学研究，道生是涅槃学的大家，慧观提出“五时教判”。他们对中国佛教的发展和传播都起过重要作用。
两晋佛教在帝王和士族的扶持下得到空前发展，影响了整个社会生活。但也出现了僧尼干政、沙门秽行的现象，背离了佛教清净仁慈的宗旨，因此在佛教全面发展的同时，又引起社会各阶层对佛教的不满。道恒《释驳论》转述时，人仿韩非《五蠧》发“五横”之论以诋斥佛教，说世有“五横”，沙门即是“五横”之一。东晋时两次“沙门拜俗”和“沙汰沙门”的争论就是这种冲突的表现。
东晋时，佛教和道教之争又露端倪，西晋时道士王浮因与帛法祖争辩屡屈，遂编造《老子化胡经》以贬损佛教。东晋佛教则出现了《清净法行经》予以回应，其中提出“三圣东行说”，即老子、孔子和颜回分别是佛的三个弟子摩诃迦叶、儒童菩萨、光净菩萨所化现，以证明佛教高于道教。佛道之争在未来的南北朝趋于激烈。
东晋时著名的寺院有庐山东林寺、建康道场寺、瓦官寺、长干寺等。其中东林寺作为东晋后南方佛教的重镇，在历史上曾盛极一时，名扬天下，后来被尊为净土宗祖庭之一。
慧远像