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南朝有一百七十二年历史，分宋、齐、梁、陈四朝。统治者在思想上仍以儒学为正宗。随着道教的发展，南朝时儒、道与佛教的先后地位之争日趋激烈。论争中佛教一方多持三教一致的观点，尤其主张佛儒一致，为隋唐以后逐步发展的三教同源、教合流说创造了条件。南方的三家之争一般采取理论争鸣的形式，这有利于三教在理论上的相互交融和共同发展。故佛教、玄学作为儒学的补充，得到各朝统治者的欢迎和支持。
宋时的宋武帝、宋文帝十分崇信佛教。宋文帝对竺道生的“顿悟成佛”说十分欣赏，曾先后令其弟子入宫讲述顿悟义，使道生的顿悟成佛说在宋朝成为热点。宋孝武帝不仅修建寺院，亲自去寺院听经，还宠信僧人慧琳，让他参与政事，时称“黑衣宰相”。
齐时齐高帝行幸于庄严寺，听僧达讲《维摩经》。齐武帝于华林园设八关斋戒。齐武帝次子竟陵王萧子良，常与名士、高僧往来，与其兄惠太子一起举办讲经大会和各种斋会。他聚名人雅士，邀高僧共同辨析佛理，还舍身佛寺，行放生、施药等慈善事业，撰制经呗新声。萧子良著有《净住子净行法门》、《维摩义略》、《注遗教经》等，对后世影响较大。
佛教虽在梁朝遭侯景之乱的打击，陈朝时又很快复苏。高祖武帝陈霸先祭祀佛牙，设无遮大会亲自礼拜。他四次行幸于大庄严寺，舍身事佛。陈武帝精通《大品般若经》、《中论》、《百法明门论》、《十二门论》三论。文帝任名僧宝琼为京邑大僧正，在太极殿设无遮大会并舍身，召集僧众进行《法华》、《金光明》、《大通方广》、《虚空藏》等忏。并制《愿辞》自称菩萨戒弟子。宣帝命国内初受戒沙门一律习律五年。后主陈叔宝在太极殿设无遮大会舍身大赦。
在南朝诸帝中，最有名的帝王信徒是梁武帝萧衍（502-549 年在位），这一时期，佛教达到极盛。京城建康僧侣云集，译业大盛，讲经说法者众，民间信仰风靡。唐朝杜牧诗云：“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”描绘了当时佛教的盛况。
梁武帝萧衍在历史上是一个多才多艺，文武兼备的皇帝。他早年广交名士，是当时著名的“八友”之一（八友：名士沈约、谢朓、王融、萧琛、范云、任昉、陆倕、萧衍）。梁武帝知识广博，对儒道有深入的研究。据载，他撰有《周易讲疏》、《春秋问答》、《孔子正义》、《老子讲疏》等著作二百卷。他深研佛理，即位第三年（504 年），亲率僧俗两万人，在重云殿重阁上宣布皈依佛教。武帝亲制《舍事李老道法诏》，诏曰：“愿使未来世中，童男出家，广弘经教，化度含识，共同成佛。宁在正法之中，长沦恶道，不乐依老子教，暂得生灭。公卿百官，侯王宗族，宜反伪就真，舍邪入正”。这实际上是让王公贵族与平民百姓都信奉佛教，他以最高统治者的名义几乎钦定佛教为国教。
梁武帝以身事佛的行为不胜枚举。他多次舍身同泰寺为寺奴，每次都由群臣花数亿钱从寺里赎回。梁武帝舍身寺院的动机：一是表明自己对佛教的虔诚，借此抬高佛教的地位；二是通过群臣用大量钱财赎回“皇帝菩萨”，为寺院积聚财富，充实寺院经济。大概他也借此来检验群臣对自己的忠诚度。梁武帝禁止出家人饮酒食肉，严格佛教戒律。他根据《大般涅槃经——四相品》等大乘经文，作《断酒肉文》，劝导和命令僧徒不仅戒酒，而且禁食一切肉，包括“自死者”，否则将以国法、僧法处治。这对后来佛教徒的生活影响很大。梁武帝本人重视佛教戒律，在他即位十八年亲到无碍殿清钟山草堂寺请慧约为他受菩萨戒，法名冠达。他敕命法超为僧正，这是管理全国佛教事务的最高职务。撰《出律要仪》十四卷，通令全国照行。梁武帝自己也按照在家佛教信徒的戒律修行，如吃斋、不饮酒、不听靡靡之音、及“断房事”等等。同时，他也重视译经、讲经说法，并撰写佛教著述。
梁武帝与当时众多高僧交往密切，有的成为师友，有的作为家僧成为武帝的顾问。武帝即位不久，就命令来华的扶南（今柬埔寨）僧人曼陀罗（仙）、僧伽提婆共同译经，还不时亲临法座，笔授其文。佛教“四大翻译”之一的真谛也从扶南应武帝之请来到江南。武帝还与僧众一起讲经论道，自己在同泰寺讲经，讲的最多的是《般若经》、《三慧经》。除了命名僧撰写注疏外，他自己也勤于著述，据载他作的经典著述有上百卷之多。当时，神灭神不灭的争论十分激烈，范缜曾和“八友”之中的萧琛、沈约等人往复辩论。
武帝即位后，竟通过大僧正法云，发动名流硕学，王公朝贵六十多人和范缜辩论，利用皇帝的地位和权利，制造反对神灭论的强大声势。范缜在这场论战中表现出极大的勇气和极高的理论水平。梁武帝修建佛寺，铸塑佛像，举办法会、斋会。他敕建大爱敬寺、开善寺、同泰寺等著名寺院，分别供养数以千计的僧尼。并赠送土地给寺院，在同泰寺铸十方金铜像、十方银像。光宅寺的丈八弥陀铜像和立像高十丈、坐像高五丈的剡（shàn）溪石像等，庄严雄伟，具有很高的艺术价值。梁武帝经常举办水陆大斋，盂兰盆斋和由僧、尼、善男子、善女人参加的 “四部”无遮大会。武帝在法会上长行忏悔，有涅槃忏、般若忏和金刚忏等。还因举行法会大赦天下，为之改元。
佛经翻译方面，南朝以刘宋元嘉时期译经最多。据《开元录》载，刘宋一代共有译者二十二人，译经论四百六十五部，七百一十七卷。宋齐之交后，中国僧人逐步重著述而轻译经，这从一个侧面反映了中国佛教的成熟。齐、梁、陈三代一百一十年中，共译经九十二部，二百六十卷。以下是几位比较重要的译经师：
一、北天竺沙门佛驮跋陀罗（觉贤，359—429年），共译经十三部，一百二十五卷。对佛教发展影响较大的有：沙门支法领于于阗取得《大方广华严经》六十卷，由觉贤共沙门法业、慧严、慧观等百余人译出。由此开启了全面研究《华严经》的风气，成为唐代华严宗立宗的经典依据。此外尚有《达摩多罗禅经》二卷、《大般泥洹经》十卷。他所在的道场寺，成为京都最大的译经中心。
佛驮跋陀罗像
二、求那跋陀罗（功德贤，394-468 年），中天竺人。他译有《杂阿含经》、《胜鬘经》、《楞伽经》、《无量寿经》等。继僧伽提破译《增一阿含经》、《中阿含经》和佛陀耶舍译《长阿含经》之后，《杂阿含经》的译出，使得四阿含经全部译成了汉语。他还将《楞伽经》译出，佛教界反响很大，研习此经形成了一批楞伽师。禅宗兴起后，以《楞伽经》为印心。元嘉十一年（434 年），求那跋陀罗在南林寺设立戒坛，为僧尼授戒，据称这是中国最早的戒坛。早期的禅宗史料中，视求那跋陀罗为中国的第一代祖师，亦同他翻译此经有关。传说《十二头陀经》也是求那跋陀罗所译。此经对以后禅宗的酝酿形成，也起过作用。《开元录》记载，求那跋陀罗共译经五十二部，一百三十四卷。
求那跋陀罗像
三、佛陀什，罽宾僧人，精通律学和禅学。景平元年（423 年）到达扬州，翻译了法显带回的《五分律》三十卷。西域僧人畺良耶舍，精通毗昙、律和禅观。元嘉初年（424 年），他到建康，翻译了《观无量寿经》，对后来的净土宗有大的影响。
四、求那跋摩（377-431年），精通经律。元嘉八年（431年），他经海路来到建康，译有《菩萨善戒经》、《四分羯磨》、《优婆塞五戒略论》和《优婆塞二十二戒》等律藏，以及《杂阿毗昙心论》的后三卷。他是继昙无谶之后，将大乘律传入中国的大家。
五、真谛（499-569 年），梵名波罗木陀，西天竺优禅尼国人。他少时遍访众师，学通内外，尤精大乘之说。梁武帝曾委托扶南国招聘名僧，真谛应聘。大同十二年（546 年），他携经论梵本二百四十卷，经水路到达南海郡（今广东南部），时年五十岁。真谛在中国二十三年，其间因社会动荡，居无定处，他曾几次想回国，因种种原因未成，因厌世想自杀，被弟子劝阻。在颠沛流离中，他翻译经四十九部，一百四十二卷，自作义疏十九部，一百三十四卷，成绩斐然。内容包括：佛教经律论和部派人物史传，也有介绍印度外道的著作，范围广泛。他翻译的经卷中对当时佛教发展产生重要影响的是瑜伽行派的论著，其中有世亲著《阿毗达摩俱舍释论》二十二卷、无著著《摄大乘论》三卷。这两部论著在印度佛教史上是划时代的名著，结构精严，义理丰富。真谛对之极端重视，他命众弟子誓弘二论，勿令断绝。由于真谛弟子在各地传播，南北朝兴起摄论学派。因摄论学和流行于北方的地论师学派并传，各尊所说，莫衷一是。于是，有了玄奘西游求法，以决疑难，其结果是带来了完备的新译瑜伽行派经典。
真谛所译佛经，大都保持了经典原本的面目。他不仅是佛教史上一位重要的翻译家，也是一位极其渊博的义学大师。在真谛有生之年，除译经注疏外，就是讲述译著。他的重要弟子有慧恺、法泰、道尼等十余人，其中慧恺（518 -568 年）是真谛译经的得力助手。宣帝太建元年（569 年）真谛圆寂。
这一时期，佛教学者重视讲诵佛典，形成了专攻某一经论之风，涌现出若干知名的经师、律师和论师。大约分以下几种:
成实师：研习和弘传《成实论》的佛教学者；
涅槃师：研习和弘传《涅槃经》的佛教学者；
毗昙师和俱舍师：研习和弘传小乘说一切有部论《阿毗昙》的佛教学者。后《俱舍释论》译出后，有的学者专研《俱舍》成为俱舍师；
摄论师：研究和弘传真谛所译《摄大乘论》的佛教学者；
三论师：研究和弘传《中论》、《百论》、《十二门论》的佛教学者；
十诵律师：研究和弘传《十诵律》的佛教学者。
南朝时的佛教文学在中国佛教史和中国文学史上也显得十分突出。其中宋代的谢灵运、颜延之，齐代的沈约、王融，梁代的武帝、昭明太子萧统、简文帝、阮孝绪，陈代的江总、徐陵等都是著名的诗人，他们运用佛教经典理趣、风格及故事引入诗文，清旷雅远、韵致流芳。其中，谢灵运不仅是佛教诗人，还是中国文学史上开一代风气的山水诗大家。智恺、智藏是著名诗僧。宋代的宗炳、颜延之，齐代的明僧绍、周颙、沈约，梁代的江淹、刘勰（xi é），陈代的姚察、江总、徐陵等也是著名的文学家。他们的佛教论文和山水辞赋结构精严、情真意切，影响深远。后来出家为僧的刘勰是《文心雕龙》的作者，具有极高的文学造诣，且长于佛理，当时的京师寺塔及名僧碑志大都为他所作。
南朝建寺塔成风，江南庙宇遍布。梁武帝所建佛寺最多，也最为奢丽。同泰寺是当时京城建康最大最华丽的寺院，大爱敬寺、大智度寺盛极一时。皇基寺、光宅寺、开善寺也都是著名寺院，刘宋时建康城外栖霞山上由隐士明僧绍所建的“栖霞精舍”也十分有名，以后改为栖霞寺，为佛教“四大丛林”之一。佛教造像，以戴逵次子戴颙 （y óng）所造为最精妙。佛画家以张僧繇（y á o）为最有名，他把印度僧人传来的印度阴影法运用于佛画中，形成了中国佛画的新风格。