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印度佛教从七至十三世纪这段时间可以称为后期佛教。后期佛教的早期是大、小乘并行发展，影响大的主要是后期佛教中后期的大乘佛教和密教。但大乘佛教完全密教化后走向了衰落，原因有下列几点：
一、佛教在印度虽是非常有影响的一个宗教流派，但通常不是占正统或是主导地位的流派。印度古代思想的主流派是婆罗门教以及后来由它演化出来的印度教。当佛教进入密教时期，印度教在印度正处于兴盛时期。八世纪之后，印度教系统先后出现了商羯罗、罗摩努阇等伟大的思想家，使印度教的宗教与哲学理论日臻完善。
二、印度教在印度流传时间久，在印度社会中有极为广泛的群众基础。随佛教密教化，许多宗教实践取自印度教，而且重视实践，在理论教授上不仅秘密化，而且深奥难解，使普通群众难以理解接受，这样使密教在大多数人看来似乎在行动上同化于印度教，因此逐渐在群众中失去其独树一帜的地位。
三、伊斯兰教的军队进入南亚次大陆后，占领了全部印度（伊斯兰教徒认为杀死异教徒可进入天国）。佛教徒大量被杀或被迫改变信仰，佛教寺院被毁，僧团财产被掠。密教许多大师纷纷从克什米尔诸地避入西藏。印度王室改信伊斯兰教，佛教在印度本土经历了一千五百年后彻底衰落。