La période du septième au treizième siècle peut être considérée comme le bouddhisme tardif en Inde. Au début du bouddhisme tardif, le Mahāyāna et le Hīnayāna se développèrent parallèlement. Dans la seconde moitié du bouddhisme tardif, les traditions qui eurent le plus d’influence furent le Mahāyāna et l’ésotérisme. Cependant, lorsque le Mahāyāna fut complètement absorbé par l’ésotérisme, il déclina. Les raisons en sont les suivantes :
Premièrement, bien que le bouddhisme fût une tradition religieuse très influente en Inde, il n’était généralement pas la tradition orthodoxe ou dominante. Le courant dominant de la pensée indienne ancienne était le brahmanisme, puis l’hindouisme qui en dériva. Lorsque le bouddhisme entra dans sa phase ésotérique, l’hindouisme était en pleine expansion en Inde. À partir du huitième siècle, le système hindou vit apparaître de grands penseurs tels que Śaṅkara et Rāmānuja, qui perfectionnèrent la doctrine religieuse et philosophique de l’hindouisme.
Deuxièmement, l’hindouisme avait une longue histoire de transmission en Inde et une base populaire extrêmement large dans la société indienne. À mesure que le bouddhisme s’ésotérisait, il empruntait de nombreuses pratiques religieuses à l’hindouisme et mettait l’accent sur la pratique. Dans l’enseignement théorique, non seulement il devenait secret, mais aussi profond et difficile à comprendre, rendant son acceptation difficile pour les gens ordinaires. Ainsi, aux yeux de la plupart des gens, l’ésotérisme semblait s’assimiler à l’hindouisme dans ses actions, et perdit progressivement sa position unique au sein de la population.
Troisièmement, après l’entrée des armées islamiques dans le sous-continent indien, elles occupèrent toute l’Inde (les musulmans croyaient que tuer les infidèles leur ouvrait les portes du paradis). De nombreux bouddhistes furent tués ou contraints de changer de foi ; les monastères bouddhiques furent détruits et les biens des communautés monastiques pillés. De nombreux maîtres de l’ésotérisme s’enfuirent du Cachemire et d’autres régions pour se réfugier au Tibet. La famille royale indienne se convertit à l’islam. Après mille cinq cents ans sur le sol indien, le bouddhisme déclina complètement.
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