Mật pháp được phân thành bốn bộ: Sự Mật, Hành Mật, Du-già Mật và Vô Thượng Du-già Mật. Ba bộ đầu gọi là “Hạ Tam Bộ Mật”. Hạ Tam Bộ Mật vào thời Đường được truyền từ đất Hán Trung Hoa sang Nhật Bản, hình thành một hệ thống riêng, gọi là “Đông Mật”; còn Vô Thượng Du-già Mật thì vào thời Đường được truyền từ Ấn Độ sang Tây Tạng, phát triển thành một hệ thống, gọi là “Tạng Mật”.
Sự Mật: là chỉ việc thừa sự chư Phật. Theo cổ thuyết của Mật tông, hành giả tu Sự Mật quán Phật như bậc Chủ, còn mình như kẻ thị giả, nhờ hết lòng thừa sự Chủ nhân mà cảm được oai lực gia trì. Nghi thức Sự Mật vốn rườm rà, nghiêm cẩn, nhưng bản ý là nương nơi oai nghi trang nghiêm ấy mà phát khởi niềm tin kiên cố cho hành giả trên đường tu chứng.
Hành Mật: là học theo hạnh nghiệp của chư Phật. Đức Phật làm thế nào, thì hành giả cũng noi theo mà thực hành như thế ấy.
Du-già Mật: là pháp môn tương ưng cùng chư Phật. “Du-già” vốn có nghĩa là “tương ưng”, giống như ta và người bạn tri kỷ, chỉ cần trao nhau một ánh nhìn liền hiểu rõ tâm ý nhau, ấy chính là “tương ưng”.
Vô Thượng Du-già Mật: là tầng bậc tối thượng của Du-già Mật, nơi hành giả có thể hiện kiến pháp tánh, hiện chứng Như Lai tạng.