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公元 316 年，汉国刘聪的军队攻占洛阳，司马睿在建康（今南京）称帝，即晋元帝，其王朝史称东晋（104 年左右）。但在此前后，北方和巴蜀广大地区，内迁的匈奴、羯、鲜卑、氐、羌和巴等少数民族以及西晋的残余势力，经过长期混战，相继成立了二赵、三秦、四燕、五凉及夏、成汉等十六国，史称东晋十六国时期（132 年左右）。
因国家统治的分割，佛教形成两种不同的传播形式，即北方佛教与南方佛教。东晋十六国佛教属北方佛教。北方佛教主要在后赵、前秦、后秦等国家得到统治者的重视和发展。这一时期的佛教史上，出现了几位在中国佛教史较有影响的人物，即佛图澄、道安、鸠摩罗什、法显，其中鸠摩罗什和道安几乎是中国佛教史上划时代的人物。
佛图澄是西域龟兹人，他九岁出家曾两度到罽（jì）宾学习“一切有部”的小乘佛法。同时，精通大乘般若空中要义。佛图澄博学多识，能诵经数十万言，善解文义，虽未读中国儒家经典，但与中土学人论辩疑滞，无能屈者。他重视戒学，平生“酒不逾齿，过午不食，非戒不履”，对古来相传戒律，亦多有考校。佛图澄尤以神异闻名于世，他善诵神咒，能役使鬼神，彻知千里外事，又能预知吉凶，兼善医术，能治痼疾等。故其义学和戒行方面的成就反为神异事迹所掩。
西晋怀帝永嘉四年，佛图澄来到洛阳，想建寺传教，却赶上战乱，他隐居草野，以观事变。第二年，羯人石勒在襄国（今河北邢台）称赵王，建立后赵。石勒死，其养子石虎继位，迁都于邺（今河南临漳西南）。石勒、石虎在中国历史上皆以残暴滥杀闻名。石勒刚建立政权时，以滥杀树威，很多出家僧被杀害。佛图澄见此情形，悯念苍生，欲以道化勒。便杖策到军门，投住在石勒手下信奉佛教的大将郭黑略家。此后，郭黑略随石勒征战，总能预言胜负。
石勒好奇，郭黑略便说出自己所知都是佛图澄告知的。石勒听到非常高兴，认为是上天所赐，他见到佛图澄后问：“佛道有何灵验？”佛图澄知他不达深理，决定用神通法术来取得石勒的信任，便说：“至道虽远，亦可以近事为证。”随即取钵盛水，烧香咒之，不久，钵中生青莲花，光色耀目。看到这种奇迹，石勒即刻信服。传说，佛图澄以麻油杂胭脂涂掌，千里之外，皆现于掌中，而且能令洁斋者看见。他听铃音预测成败吉凶，无不效验。佛图澄常服气自养，积日不食。他腹旁有一孔，常以絮物塞之，每夜读书，则拔去絮物，孔中出光，照亮一室。还赦（shè）龙致水降雨，喷酒兴云灭火，烧香祝愿，遥救人难等。
佛图澄被石勒奉为“大和尚”，除从事持戒、说法等宗教活动外，还参与石勒的军政机要，预言吉凶，策划谋略。如此一来，石勒对佛图澄日益倚重，有事必咨而后行。继位的石虎对他敬重更盛石勒。佛图澄常常以慈悲戒杀的教义来劝谏后赵统治者，来保护民众、传播佛法。
石虎当政期间，曾问“何为佛法？”佛图澄答：“佛法为不杀。”石虎担心地问：“我为一国的帝王，如果不动刑杀，怎么抵制国内外的叛乱，维护国家的统治。如果我必须违戒杀生，即使我现在供奉信仰佛法，能获得福报吗？”佛图澄答：“帝王信奉佛法，应当在身心两方面恭敬信服，不做暴虐残忍之事，不杀害无辜。至于凶愚无赖之人，非教化所能奏效，即他们犯罪作恶，该杀时杀，该动刑时就用刑法。但若凭自己喜怒哀乐，暴虐恣意，率性而为，杀害无辜，即使把所拥有的一切财富都用来供奉佛法，也不能解脱所得的恶报。希望陛下能节制自己的欲望和野心，以慈悲之念普及天下，则佛教兴盛，大王的福泽也会深远而广大。”石勒等虽习性难改，不能尽从，但在佛图澄的教导下，暴行收敛很多。在石勒、石虎的支持下，佛图澄推广佛教甚力。西晋以前，官方只准西域人出家。石虎统治时，公然下诏，准赵国一切人信奉佛教出家，这是中国历史上统治者第一次明令汉人可以出家。此后，民众相率出家，计当时有寺院八百九十所之多，后赵佛教，盛极一时。
佛图澄既无译经，也无著述流传下来，但其门徒中英才辈出，可知其义学之高妙。佛图澄当时常随身边的弟子有数百，前后门徒达万人之多，教门之盛可见一斑。他弟子中有名的有：法首、法祚、法常、法佐、僧慧、道进、道安、僧朗、竺法汰、竺法和、竺法雅和比丘尼安令首等。
佛图澄及其弟子对东晋十六国和南北朝这一时期佛教产生了极大影响。佛图澄于东晋永和四年圆寂于邺宫寺（今河南临漳县西南），时年 117 岁。
道安是佛图澄最著名的弟子之一。他出生在一个世代为儒学的家庭，幼年正值西晋末年的战乱，父母双亡，由外兄孔氏抚养，七岁时开始学习儒家经书，十二岁出家为僧。道安在寺院几年一直被分派从事田间劳作，从无怨言，且戒律精严。有一天，他从师父处借到佛经《辩意经》一卷，约五千言。道安在地里边劳动边阅读，当天晚上回寺时，已经把这部经背下来。师父又借给他《成具光明经》一卷，近一万言，道安当晚向师父还经时，在师父面前背诵此经，不差一字。
他的勤奋和天才得到师父的器重，二十岁受具足戒，并且师父同意他可自由外出游学。此时正值后赵盛世。道安游学中遇佛图澄，拜佛图澄为师。此后十多年，他一直追随佛图澄学习佛法，直到佛图澄圆寂。
之后，道安在河北、山西一带颠沛流离，避石氏之乱。其间在太行、衡山建立寺塔，徒众数百，弘宣佛法。约公元 364 年，又迁居南下。道安先在一同避难的道友的帮助和鼓励下，为东汉安世高译的小乘经典《阴持如经》、《大道地经》、《大十二门经》等写序作注，同时留心般若学说，曾找到竺法护所译《光赞般若经》的残本一品。
道安像
公元 365 年，道安对他的弟子们说：“今遭凶年，不依国主，则法事难立。又教化之体，宜令广布”。随后命他的弟子竺法汰到扬州（今南京）传法，并说：“彼多君子，好尚风流”。又命法和去四川，说那儿“山水可以休闲”。然后，自己率剩余的弟子四百人直达东晋治下的襄阳。道安先居襄阳白马寺，因寺狭僧众，又建檀溪寺。道安在寺中讲经说法，并举办法会，当地信徒和四方学士竞相投入道安门下受学。
道安很注重与当地官僚士大夫的往来。他希望在他们的帮助下，弘扬佛法。道安与当地名士习凿齿之间的友谊尤深。“四海习凿齿，弥天释道安”成为当时文人雅士的名对，也足以说明两人当时都名重一时。
道安在襄阳 15 年，集中研习般若。每年讲《般若经》，还对《般若》、《道行》、《密迹》和《安般》等经作注，收集整理经典，编撰经录，受到朝野推崇。道安在襄阳曾主动去结识一些朝中要人和江东名士，连东晋孝武帝听说道安的学识后，也遣使问候，并下诏让道安从当地官府中领取相当于王公的俸禄。
公元 379 年，前秦苻坚遣苻丕攻占襄阳，道安与习凿齿被迫来到长安。苻坚素闻道安之名，见到道安后，非常高兴，赏赐很多。并说：“我发兵南下，只为获得一个半人而已。”一人指道安，半人指习凿齿。可见其对道安的推崇。道安被安置在长安五重寺，有僧众数千人。此后，道安实际处于前秦最高佛教领袖的地位，也是苻坚的政治顾问。苻坚赦诸学士，内外有疑皆师于道安。苻坚平定北方后，企图南下灭晋，统一中国。道安曾劝谏苻坚不要用武力攻取东晋，而应实行仁政，以“文德”感化未归降者。苻坚不听，率重兵南下，经淝水一战，大败而归。从此，前秦几乎土崩瓦解。道安于公元 385 年圆寂于长安。同年五月，苻坚兵败于西燕王慕容冲，逃亡途中被后秦王姚苌（cháng）俘获，缢死于新平佛寺。
终其道安的一生，对佛教界的贡献和影响有以下几点：
一、佛教传入中国后，虽历代译有大量佛经，但汉人僧侣的研究著述很少。道安写了大量的经序和注疏。记载他的著作有六十种，这些著作涉及方等、阿含本缘、毗昙、禅修和律仪等广泛领域。这些序和注对阐明经义的作用很大，有的学者认为道安才是中国佛典注疏的真正始祖。他创立了“本无宗”的般若学理论。“本无宗”是东晋十六国时期中国佛教般若学派“六家七宗”中影响最大的一派学说。
二、在长安时，道安利用统治者的信任和自己在佛教界的领袖地位，组织佛教人才翻译经典。在七、八年时间中，译出佛典十四部一百八十三卷，百余万言。小乘佛教典籍占绝大部分，共十三部一百七十八卷。这些小乘佛典主要是上座部系统说“一切有部”传承的《阿含经》和论释《阿含经》教义的论书《阿毗昙》。这是在东汉安世高之后第二次大规模地把说“一切有部”的典籍译为汉文。
三、道安总结佛经翻译的经验，提出“五失本，三不易”的翻译方法性原则，“五失本”就是在译梵为汉时要注意五条失去原文本来面目的事项。在这五项规定之内，即使失去梵本的原形也是不得已和可行的。所谓“三不易”是指三种在翻译中不容易处理好的情况。这些见解受到后世的赞扬。
四、中国佛教规范化，道安倡导沙门以释为姓。这条规定被中国佛教徒传承至今。另外，道安还制定了僧尼赴请、礼忏等行仪规范，使佛教僧尼活动进一步规范化。
五、道安重视亲自说法讲经，积极培养弟子和扩大影响。道安在河北和襄阳，都有徒众数百人，是当时中国最大的僧团。在长安，更有数千人追随。道安门下高足有慧远、慧永、慧持、法遇、昙翼、道力、昙戒、道愿、僧富等。其中，以后来成为东晋佛教领袖的一代大师慧远最为著名。道安在新野和襄阳两次分遣徒众，扩大佛教的影响范围，东至扬州，西抵四川，南达长沙。道安僧团的势力由北向南推移，由黄河流域扩展到长江流域，这是中国佛教史上的一个重要事件。
六、道安开创了中国编撰佛经总录的先河，这是中国佛教史上的大事。《道安录》分经论录、失译经录、凉土失译经录、关中失译经录、古异经录、疑经录和注经及杂经录七部分。以译人年代为次，收录自后汉安世高至西晋末法立，共著录十七家，二百六十四部，四百五十九卷经论。道安在作总录时，坚持“不见不录”原则，使《道安录》具有极高的史料价值。惜《道安录》已失。现存最古的经录是梁僧祐所撰《出三藏记集》的第二部分经录，就是在全部吸收《道安录》的基础上加以扩充而成的。《道安录》不仅在中国佛教史上非常重要，在中国目录学史上也占有重要地位。
七、道安还是一个虔诚的弥勒信徒，曾与隐士王嘉，弟子法遇、昙戒、道愿等八人在弥勒像前发愿，祈愿往生兜率天，在中国兴起了佛教的弥勒信仰。后人称道安为建立中国化佛教的第一位高僧。他一生受佛图澄影响至深，重禅修、戒律，精研小乘教理和大乘般若学说。
继佛图澄、道安之后，后秦佛教因一代译经大师鸠摩罗什的到来，呈现出比前秦更为兴盛的局面。
鸠摩罗什，祖籍天竺，家世国相。祖父达多，在国中德高望重。父亲鸠摩炎因不愿继承父亲相位，离开天竺，东度葱岭，被龟兹王迎为国师，并将其妹嫁与他为妻。鸠摩罗什父母都崇奉佛教，母亲在他很小时就出家为尼。罗什七岁随母出家，拜师学经。他天资聪慧，据载：“日诵千偈，偈有三十二字，凡三万二千言。”因母亲是王妹，故龟兹人给予罗什丰厚的供养。为了罗什的修行，母亲便带他离开本国。
罗什九岁时，到达罽宾。当时罽宾流行小乘佛教“说一切有部”，罗什拜当时在国内著名的佛教学者槃头达多为师，学习《阿含》等小乘经论和四吠陀、五明等学问。他受到师父的赞誉，罽宾王请他入宫，与外道辩论获胜，罽宾王由此更敬重他，并给予极高的待遇。鸠摩罗什十二岁，母亲带他回龟兹，途径沙勒国，住一年。在沙勒，鸠摩罗什先修学小乘，后学大乘。他开始跟罽宾僧佛陀耶舍学习《阿毗昙八犍度论》及《十诵律》。沙勒国王请鸠摩罗什升座在国内讲法，龟兹王因此很高兴，派使者酬谢，并通友好。
鸠摩罗什像
鸠摩罗什还寻访佛教以外的书籍，如古印度的宗教、哲学文献等。据称他“阴阳术算，莫不毕尽，妙达吉凶，言若符契”。但鸠摩罗什不太注意仪表戒规，常受到其他修行者的非议。他在沙勒学大乘教的老师是须耶利苏摩。鸠摩罗什初听大乘，觉不可思议，与老师辩难。后放弃小乘立场，感叹说：“吾昔学小乘，如人不识金，以渝石为妙。”他又学习了大乘中观学派的基本著作《中论》、《百论》、《十二门论》等。
之后鸠摩罗什随母到温宿国，在那里与一外道辩论获胜，声名鹊起，享誉国内外。龟兹王亲自到温宿国把罗什母子迎请回国。罗什回国后，一直弘传大乘教义，二十岁于王宫受具足戒，又从沙门帛摩罗叉学《十诵律》。不久，他母亲要往天竺去，临行告别说：“方等深教，应大阐真丹（指中国），传之东土，唯尔之力，但于自身无利，其可如何？”罗什回答说：“大士之道，利彼忘驱，若必使大化流传，能洗悟曚俗，虽复身当炉镬（huò），苦而无恨。”后住新寺，诵读《放光般若经》，又住雀梨大寺广读大乘经论。龟兹王造金狮子座，请罗什升座讲法，一时名高西域。他在罽宾时的小乘老师槃头达多也闻名赶来，听罗什讲大乘佛法。
公元 382 年，前秦王苻坚派大将吕光出兵龟兹。在吕光临行时，苻坚说：“朕闻西国有鸠摩罗什，深解法相，善闲阴阳，为后学之宗。朕甚思之。贤哲者，国之大宝，若剋龟兹，即驰驿送什。”公元 384 年，吕光战败龟兹及诸国救兵，获鸠摩罗什，见他还年轻，强迫他娶龟兹王之女为妻。这个时候苻坚已亡国，吕光遂在凉州建立后梁。由于后梁吕光及后继者皆不信奉佛教，也不鼓励罗什从事传教译经，而只是把他当作能占卜吉凶、预言福祸的方士，罗什被羁于此十六、七年。后秦姚兴于公元 401 年灭后凉，罗什才被迎请到长安，时五十八岁。
姚兴崇尚三宝，对罗什礼遇有加，待以国师之礼，让他在逍遥园西明阁专事翻译，还亲自前来听经，甚至参与译经，并接受鸠摩罗什的指导从事读经、修禅、著述。姚兴著有《通三世论》、《通不住法住般若》、《通圣人放大光明普照十方》、《通一切诸法空》及《与安成侯姚崇义述佛书》等。受他影响，手下的大将们多信仰佛教，而且后秦僧尼迅速增多。为了管理全国僧尼，后秦设立了专门的行政机构。命罗什弟子僧契为僧正，僧迁为悦众（都维那），法钦、慧斌共掌僧录。在中国佛教史上，这是首次设立僧官管理机构。此后经北魏至隋唐，形成中国封建社会比较完备的僧官制度。
在后秦，以鸠摩罗什为中心组成了一个十分庞大的僧团，他们主要任务是译经、说法和传教，其中英才辈出。姚兴曾为了治理国家，想招罗什弟子道恒、道标还俗从政，三次招请皆被婉拒。最后请罗什劝说，同样被拒绝。鸠摩罗什在后秦弘始三年十二月到西安，在他最后十一年多时间共译佛经三十五部二百九十四卷。参与译经的弟子很多，其中著名的有僧叡（ruì）、道融、昙影、僧契、道恒、道标、僧肇、道生等，其中僧叡、昙影、僧契，原是协助道安译经的弟子。
鸠摩罗什的译经成就主要有两方面：
一、就译经风格而言，罗什一变以前质胜于文、过于古朴的直译风格，开始运用达意的方法，使中土诵习者易于接受理解，从而为佛教译学的展开开辟了广阔的园地。
二、开论典翻译之先河，引起中国佛学界对论典的重视。
罗什组织的这次译经，许多译文成为中国佛教大藏经中的定译，没有后人能超越他，罗什居于中国佛教史上四大译经师之首位。他们译的经论在当时迅速流遍全国，对后世中国佛教产生了极大影响。从他开始，佛教译经正式被作为封建国家的宗教文化事业，由国家提供资金，组织人力。他们译经传教，既促进了中印文化的交流，也对当时我国少数民族与汉族文化交流起了促进作用。罗什圆寂于长安大寺，时年七十岁。
据称，鸠摩罗什有门人三千，其中包括“关内四圣”僧肇、僧叡、道生、道融，加上道恒、昙影、慧观、慧严而成“八宿”，还有僧导、僧嵩等三十余位高僧。其中僧肇、僧叡对般若学的研究极有成就。
僧肇号称“解空第一”，将般若学中观理论与中国老庄思想相融汇，批判总结了魏晋以来中土人士对般若学理论理解上的偏差，在“六家七宗”的基础上建立起“不真空论”，将中土般若学理论推向高峰。僧叡致力于般若经典的传播，他对般若理论在中土发展过程的总结，是研究魏晋佛教史的重要资料，至今仍有极高的参考价值。道生天资独具，在未见经典原本的情况下，倡“一阐提皆可成佛”与“顿悟成佛说”，是中国佛教义学实现由“般若学”向“涅槃学”转变的关键人物。道恒是“六家七宗”之“心无义”的主张者之一。慧观创五时教判。罗什圆寂后，他的主要弟子有的留在长安，有的迁居南方。罗什所传大乘经典流布到江南，长期从他受学、听法的弟子后来分布于大江南北，对南北朝中国佛教学派的形成有直接影响。
东晋十六国时期，大批僧人西行求法，其中最有名的是法显。他觉得中土律藏缺乏，发誓西行求取相关典籍。法显西行在鸠摩罗什到长安的第二年。当时虽有大量汉译的大、小乘佛经流传，但戒律却极为缺乏。佛教在中原地区广泛传播后，由于出家人享有许多特殊照顾，有利可图，故出家为僧的人，虽不乏虔诚的佛教徒，但也有不少只为逐利、避徭役、逃赋税，及怀有其它动机而出家的人，僧人队伍鱼龙混杂。僧众的一些不法行为引起社会人士的非议。这时，有志于保护佛教的人士，希望有一套完整的戒律来维护僧团的发展，使日益壮大的僧众团体得到进一步发展。这也是法显西行求法的动机。
法显像
公元 399 年，法显与同学数人，从长安出发，经三十余国到达北天竺，再经伽施国抵中天竺。在摩羯提国的天王寺停留三年，学习梵语，取得《摩诃僧袛律》、《萨婆多律抄》等律典和《杂阿毗昙心论》、《方等泥洹经》等经论及佛像。后与客商一道到狮子国（今斯里兰卡），同行十一人有的半途停留不前，有的死于途中，至狮子国时，仅剩法显一人。他在狮子国停留两年，取得《弥沙塞律》、《长阿含经》、《杂阿含经》、及《杂藏经》梵本。法显乘商船东还，途中遇大风，几经周折，公元 412 年抵青州长广郡牢山（今山东崂山湾一带）。后来，法显南下建康，和佛驮跋多罗同在道场寺翻译了六卷《泥洹经》、《摩诃僧袛律》、《大般涅槃经》和《杂阿毗昙心论》等，但仍有带回的梵本未译。法显八十六岁圆寂于荆州（今湖北江陵县）辛寺。
法显西行十五年，途中翻雪山、过草地、渡流沙。他回国后，将自己求法十多年的所见所闻写成《佛国记》（又名《法显传》）。书中简明地记述了十五年间，他对西域各国的佛教、宗教、风俗、地理的见闻和旅途的艰辛。如在《渡沙河》中对沙河情形的描写：“沙河中多有热风恶鬼，遇则皆死，无一全者。上无飞鸟，下无走兽，遍望极目，欲求渡处则莫知所拟，唯以死人之枯骨为标帜耳。”
法显《佛国记》与玄奘《大唐西域记》和义净《大唐西域求法高僧传》一起，成为后人研究中亚古代社会政治概况、中西交通史记及文化交流的重要史料。
法显西行，给中土佛教带回了一些梵本律藏（即佛教戒律典籍）和一些小乘经论，为中土佛教律藏的建立作出了贡献。也有人认为三国时的昙柯迦罗为中土戒律传入之始。
后秦弘始六年（公元 404 年），由弗若多罗口诵，鸠摩罗什翻译《十诵律》。译事未完弗若多罗去世，后由昙摩流支帮助译完。《十诵律》是第一部完备的汉译小乘戒律。罗什死后，法显开讲《十诵律》，把罗什译的《十诵律》五十八卷分为六十一卷，律藏在中土大弘。受罗什影响，由佛陀耶舍译的另一部小乘戒律《四分律》在唐以后成为内地通行的戒律。而《梵网经》则是第一部大乘戒律。
十六国时期，中国佛教的译经事业由鸠摩罗什与他的弟子们共同努力，达到了一个成熟与圆满的高度。本土的大小乘主要经典、律藏都基本完美地译成中文进入中土佛教界。不仅如此，佛教造像艺术在这一时期也开始勃兴。著名的作品有道安在襄阳檀溪寺铸造的丈六释迦金像；道竺邻在山阴昌原寺铸造的无量寿像；竺道壹在山阴嘉祥寺铸造的金牒千像等。外国佛像也开始传入中国，苻坚送给道安的佛像中有高六七尺的外国金箔倚像；道安弟子昙翼曾于江陵城北得一佛像，上有梵文，据说为阿育王所造。但总体说来，五胡十六国时北方战乱不断，佛教艺术不如江南东晋所取得的成就。