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与南朝同时，在北方的政权，称为北朝。先后经历了北魏、东魏、西魏和北齐、北周五代。北朝国家对佛教的控制强化，僧官制度逐步完备。统治者对佛教采取既利用又限制的政策，因此佛教更依附政权发展。北朝佛教独立性不如南朝佛教。
北朝发生过两次灭佛事件，既是佛教与国家之间的利益冲突，也是佛教与道教地位之争的极端表现。
北朝佛教重实修、轻义理，禅学尤盛。寺院经济逐渐完善，佛教疑伪经的大量出现，是北朝佛教进一步发展的重要标志。佛教造像方面，石窟艺术是重要特点。北朝虽发生两次灭佛事件，但大部分帝王支持佛教，故佛教仍兴盛。
佛教以北魏为盛。太祖道武帝刚定都平城（山西大同），即批准在京城规划建佛寺、造佛像，以佛教作为国家承认的宗教。道武帝好黄老、览佛经，见沙门都礼敬。他还致书僧朗，并赐以丝绸、银钵等礼物。皇始年间（396-397年），清赵郡（今河北赵县）沙门法果任道人统（沙门统），是作为国家任命的佛教领袖。明元帝继续扶持佛教，在都城四方建立佛像，并令沙门开导民俗。世祖太武帝拓跋焘即位之初，也支持佛教，聘沙门前来讲学，于佛诞日举行佛像游行仪式等。公元 426 年，太武帝攻陷长安，鸠摩罗什僧团的一些僧人随之迁往平城。公元 439 年，征服凉州，昙无谶僧团的佛教活动也被纳入北魏范围。这两股僧团的力量为北魏佛教的繁荣提供了条件。后来，太武帝转信天师道，于太平真君七年（446 年）下诏废佛。
孝文帝即位后，又复兴佛教，比以前更盛。著名的大同云岗石窟，就是由沙门统昙曜主持开凿的。文帝（471-499 年在位）在历史上是很有作为的政治家。他好老庄，精佛理，曾在洛阳永宁寺度百余良家男女为僧尼，又到永宁寺听讲经。他尊徐州僧崇弟子道登为师，为西域沙门跋陀在少室山建少林寺，还下诏允许高僧入殿讲论佛法。从孝文帝始，北魏讲经、研究义理的风气渐盛。
孝文帝应昙曜请求，健全了一些佛教管理制度。他令所掠得的青齐地方（今山东一带）的百姓，每年输谷六十斛入僧曹，这些人称僧袛户，其谷称僧袛粟，作为赈灾及佛事之用。将一些犯了重罪之人和官奴作为佛图户，充当寺院杂役和耕作劳力。这些措施促进了寺院经济的发展，也产生了不少流弊。孝文帝对佛教扶持的同时，也加强了限制和管理。延兴二年（472 年），他诏令搜查无籍之僧，比丘若无官府文书不许周游于民。太和十年（486 年），他命检索僧尼，凡无籍或修行怠惰的僧尼皆令还俗，各州还俗者达一千三百余人。他又立《僧制》四十七条加强对僧尼的管理。
宣武帝也大兴佛教，为来洛阳的外国僧人立永明寺。著名的译经僧昙摩流支、菩提流支、勒那摩提等均住持该寺。龙门石窟在这个时期开始营造。孝明帝时，胡氏灵太后独揽朝政。她在熙平元年（516 年）建洛阳永宁寺塔，九层高四十余丈，极其壮丽。她还派宋云、慧生等往西域朝礼佛迹，访求佛典。北魏诸帝奉佛，支持佛教，至魏末，各地僧侣达二百余万人，寺庙三万有余。
北魏后的几代帝王也承袭了对佛教既利用又扶持的政策。东魏孝静帝敬重名僧昙鸾（时称神鸾）；西魏文帝及丞相宇文泰都好佛。文帝曾立大中兴寺，以道臻为魏国大统，道臻即大立科条，以兴佛法；北齐文宣帝请高僧法常入宫讲《涅槃经》，并拜为国师。他设玄昭寺作为管理全国僧众的机构，设大统一人，统十人，都维那三人，以法常为大统。当时，北印度沙门那连提耶舍于天保七年（556 年）来到邺（yè）都，文宣帝出旧藏梵本佛经千余卷，请他在天平寺翻译。文宣帝晚年到辽阳甘露寺务心禅观；北周明帝亦崇佛，兴建佛寺，大度僧尼。当时名僧昙延、道安被称为玄门二杰。北周武帝宇文邕（560-578 年）在位时，重儒术、信谶纬。公元 566 至 577 年间，前后七次集群臣、僧侣、道士议佛道优劣先后，又下诏并废佛、道二教。宣帝继位，佛、道又逐步得以恢复。
昙鸾像
北朝统治者对佛教既扶持又限制的政策，集中表现在僧官制度的完善上。南北朝时，国家的僧官制度大体有北朝的沙门统和南朝的僧正两大系统。完善和管理的效果而言，北朝优于南朝。自后秦姚兴任命鸠摩罗什弟子僧契为僧主（即僧正），可以看作是僧官制度的起始，南朝沿用了僧主的名称。北魏道武帝时法果任道人统。太武帝灭佛后，文成帝复兴佛教，以师贤为道人统，设监福曹为国家管理机构。监福曹首脑名道人统，次官名都维那；地方各州设僧曹，首脑称沙门统，中央沙门统称沙门都统。师贤逝后，昙曜继任，改监福曹为昭玄寺。沙门统称昭玄沙门统、昭玄大统等。东魏、西魏时，沙门统又称国都、国统等。
献文帝、孝文帝时，在各寺设置上座、寺主、维那和悦众等僧官。上座为寺内受戒时间长、德高学博的长老，寺主即事务长，维那和悦众共同管理僧众杂事。僧祇户和佛图户制度的建立，更是促进了寺院经济发展，扩大了佛教在社会上的影响。但它与世俗政权之间争夺经济收入和人口的矛盾日益凸显。胡氏灵太后曾下令不许奴婢出家及限制僧侣度人。当时，不少人的排佛之议以及两次灭佛事件，都直接或间接与此相关。
北朝的译经在整个南北朝比较少，主要集中在公元 508 至 543 年即宣武帝至平城迁都洛阳后的三十五年间。有译者十二人，译籍八十三部，二百七十四卷，主要是以菩提流支为首的译经集团。
菩提流支（意译为道希）是北印度人。北魏永平初年（508 年），他来到洛阳，开始译经，通过昙无谶而为魏帝所重。永宁寺建成后，即住于此。后随迁至邺都，继续从事翻译，直至天平二年（535 年）。菩提流支在中国三十年，先后译出《佛名经》、《入楞伽经》、《法集经》、《深密解脱经》、《胜思惟梵天所问经论》、《大乘宝积经论》、《法华经论》、《破外道小乘涅槃论》等共三十部经论，一百零一卷。
菩提流支像
菩提流支所译经论系统地介绍了大乘瑜伽行派一系的学说。菩提流支授予净土宗祖师昙鸾《观无量寿佛经》，引导其信仰净土，译《无量寿经论》（通称《往生论》），介绍世亲五种念佛法门，昙鸾为之作注，极大地发挥了净土宗的教义。他对教判也有独特的看法，他依据《涅槃经》判释一代佛法为半满两教，即在佛成道后十二年后说的是半字数，十二年以后的是满字数，这在当时有很大的影响。
其他译经者还有北齐的那连提黎耶舍，译有《大集藏经》等经论共七部；万天懿（yì）译出《尊胜菩萨所闻一切诸法入无量门陀罗尼经》；北周的攘那跋陀罗、阇那耶舍、耶舍崛多、阇那崛多和达摩流支共五人，译有《大乘同性经》等经论共十四部二十九卷等。
与南朝一样，佛教界有一些人专攻某一经论，形成了关于研究讲诵这一经论的论师。北朝影响最大的有：地论师，即研究弘扬《十地经论》的佛教学者；四论师，研究和弘扬《大智度论》、《中论》、《百论》、《十二门论》的佛教学者；四分律师，研究和弘扬《四分律》的佛教学者。由南朝传入的一些学派如毗昙师、成实师、摄论师以及涅槃师在北朝也很流行。在修证方面，重视实修的禅法、净土信仰与修行都很兴盛。
北方倡导和弘扬弥陀信仰最重要的人物是昙鸾（约 476-542 年），他是雁门（山西代县西）人。据传，他因见五台山灵迹而发心出家，学习《中论》、《百论》等四论。因立志注释《大集经》而患病，为求长生不老术而前往梁，在江南句曲山（茅山）受著名道士陶弘景指点，得《仙经》十卷返回北方，途经洛阳，碰到印度译经僧菩提流支便问：“佛法中是否有比道教更好的长生不死之法？”菩提流支回答：“你怎么这样认为呢，佛法与道教之法是不能相比的，这个世界怎会有长生不死之法，纵然能非常长寿，最终也会在三界轮回。”菩提流支把一部《观无量寿经》授给昙鸾，说：“此大仙方，依之修行，当得解脱生死。”昙鸾接受此经，当场把《仙经》烧掉。此后一生主要从事传布弥陀净土信仰。
东魏孝静帝对他十分崇敬，称其为“神鸾”，敕令他住并州大寺。此后，他移住汾州北山石壁玄中寺（今山西交城县西北的石壁谷中），玄中寺直到唐代都是传布净土信仰的重要中心。后来，日本净土宗和净土真宗把玄中寺作为祖庭。
昙鸾最初确立了称名念佛法门，开后世重视称名念佛的风气。他的著作《往生论注》、《赞阿弥陀偈》等奠定了净土宗的基础，后世的净土宗常推昙鸾为创始者。他还著有《调气论》、《疗百病杂丸方》、《论气治疗方》、《服气要诀》一卷。
北朝佛教传播使得民间信仰兴盛，也出现了疑伪经。民间信仰除弥陀信仰外，还有观音菩萨的信仰。魏晋以来，有不少观音菩萨的佛经译出，如竺法护译《光世音菩萨普门品》、鸠摩罗什译《观世音菩萨普门品》、阇那崛多和达摩笈多合译《观世音菩萨普门品》、昙无谶译《观世音菩萨授记经》等。这些观音经的翻译，引发了民间对观音菩萨的信仰。加以后来东晋竺难提所译属于密咒的《请观世音菩萨消伏毒害陀罗尼咒经》、北周耶舍崛多译《十一面观世音神咒经》以及中国僧人撰述的《高王观世音经》、《观世音三昧经》等疑经的出现，使观音信仰在民间更为流行。
北朝民间信仰形成有组织的形式叫义邑，主要由民间信徒和僧侣组成，以民间信徒为主。义邑形成的雏形是北魏初年为建立佛像等事务而结成的以一族或一村为主体的民间信仰团体，逐渐流行于整个北方，兼及修建窟院，举行斋会、写经、诵经等。义邑的首脑称为义邑主、法义主、邑主、邑长等；处理义邑事务的称为邑维那；成员称为邑义、法义、邑子、邑人、邑徒等，有教养的僧人担任邑师，巡回各义邑进行传教；还有管理各种事务的职位，分工细致，组织严密。当时民间所诵的佛经是《提谓波利经》，劝持五戒。义邑每月举行斋会两次，以正律为标准，相互督察。从现存的一些佛经碑铭看，当时北朝义邑有的规模很大，达五百余人。南北朝时期还有叫做法社的佛教组织，性质与义邑相似，但其成员多为达官贵人、文人学士和上层僧侣，主要流行于南方。
所谓疑伪经，是相对于“真经”而言的。中国佛教徒将译自梵文或其它外国文学的佛经称为真经，而把中国僧人编撰或选抄的佛经称为疑经或伪经。“疑伪经”的提法始于道安。自佛教传入中国后，即有疑伪经的存在。道安《综理众经目录》里就列有《宝如来经》、《毗罗三昧经》等疑经二十六部三十卷。僧祐《出三藏记集》中列《新集疑经伪撰杂录》，其中有《提谓波利经》、《宝车经》等疑经二十部二十六卷。至隋代彦悰《众经目录》中，疑伪经的数量已增至二百零九部四百九十一卷。
北朝最著名的疑经是《提谓波利经》。据《出三藏记集》卷五记载，该经是由北魏沙门昙靖编撰的，共两卷。提谓、波利是佛教传说中最早皈依佛教的两个商人，释迦在菩提树下成道后，提谓和波利路经此地，向释迦献食，从受三皈依和五戒，成为第一批佛教信徒。《提谓波利经》就是以此为线索编撰的。昙靖为了当时传教的需要，能便于一般人理解，把一些中国传统的思想、习俗也写入经内。主要内容是讲五戒、持斋修行和善恶因果报应，并把汉儒的阴阳五行学说、伦理纲常和道教的延年长生思想与佛教义理结合在一起。
《提谓波利经》成为北朝在家信徒的佛教经典，在南方也很流行，后来的佛教著述中对该经的内容多有引用，影响很大。《宝车经》是北魏时撰述的另一部疑经。据《出三藏记集》的记载，该经是由昙辨和道侍编撰、改定的。它提倡三皈、五戒等在家信徒应遵守的戒律，还宣传中国的泰山信仰和佛教的地狱报应相结合的思想。
北朝的灭佛引起了对佛教末法思想的重视，出现了宣扬佛教将要灭亡和劝诫僧徒应当忏悔、积功德的疑伪经。如《仁王般若波罗蜜经》、《梵网经》、《菩萨璎珞本业经》、《像法决疑经》、《占察善恶业报经》等。宣传观音信仰的疑伪经以《高王观世音经》和《观世音三昧经》最有名。《高王观世音经》宣扬观世音菩萨的功德利益，《观世音三昧经》由中国僧人所撰，阐述观音的理论和具体的实践方法。天台智顗观音忏法的形成，受此影响很大。
佛教疑伪经的中心内容主要是祈福或因果报应一类的思想，适应了当时民间信仰和传教的需要，其理论并不违背佛法宗旨。
北朝佛教艺术以石窟艺术最为著名。现存中国三大石窟艺术群的敦煌石窟、云冈石窟和龙门石窟，都是在这一时期始建或建成的。北魏时修建的还有甘肃天水的麦积山石窟和河南巩县石窟。北齐时有建在陪都晋阳（今山西太原）的天龙山石窟、位于河北磁县的响堂山石窟。北响堂山石经是中国佛教最早的镌刻石经，比著名的房山石经还早四十年，在佛教文化史上具有非常重要意义。北齐时的石经现存的还有山东泰山经石峪的《金刚般若经》等。
北朝佛寺建筑中，最著名的有永宁寺、瑶光寺、景乐寺、法云寺、皇舅寺、袛洹精舍等。
北朝的佛画家，以北齐的曹仲达最著名。他本为西域曹国人，所画璎珞天衣，带有天竺犍陀罗遗风。